Сюжет повествует о девочке Кобато, которая для исполнения своего желания должна исцелять сердца людей и наполнить осколками их страданий специальную бутылочку. В этом деле её наставником выступает некий Иорёги, который в наказание за свои ранние деяния должен пребывать на земле в виде плюшевой игрушки, изображающей собаку. Основную их проблему составляет то, что Кобато, несмотря на свою старательность, очень инфантильна и слабо себе представляет, как положено вести себя на земле. Скажем, она может пытаться рисовать пальцем на асфальте на том основании, что персонажи прочитанной ею манги поступали так же.