Действия Макросс Зеро берут своё начало за один год до прибытия Зентреди на Землю, повествование ведётся про последние дни борьбы ООН против АнтиООН. Будучи подстреленным новейшим самолетом-истребителем АнтиООН, первоклассный пилот Шин Кудо терпит крушение на отдалённом острове майя, где технологии почти не существует. В то время как пилот залечивает свои раны, на острове созревает сражение, в котором принимает участие новейшая боевая машина ООН - VF-0.