Мьюту возвращается для битвы с величайшим противником!

В отдалённых уголках региона Джото есть место, где вода кристально-чиста, и горы поднимаются до небес. Мьюту и его собратья, покемоны-клоны, обрели там дом, где они могут спокойно жить, вдали от любопытных глаз и людской несправедливости.

В Первом Фильме Мьюту стёр в памяти людей все воспоминания о битве с Мью, все следы существования клонов и его самого. В памяти всех, за исключением Джованни.

Теперь неугомонный Лидер Команды Ракета наконец обнаружил тайное убежище Мьюту. Но то же посчастливилось и Эшу с Пикачу и их друзьям. Джованни ставит Мьюту ультиматум: присоединиться к нему или принести в жертву клонов. Но когда кажется, что исход этой битвы уже предопределен, в игру вступает уникальная природа каньона Чистоты... и судьба Мьюту оказывается в руках Эша.